W skład struktury organizacyjnej Uniwersytetu wchodzą:

• podstawowe jednostki organizacyjne,
• jednostki organizacyjne wydziałów, w tym jednostki zorganizowane na bazie obcej,
• jednostki ogólnouczelniane,
• jednostki organizacyjne nadzorowane przez Uczelnię działające
• na mocy odrębnych przepisów,
• jednostki organizacyjne administracji.

Podstawowymi jednostkami organizacyjnymi Uniwersytetu Medycznego w Białymstoku są:

• Wydział Lekarski z Oddziałem Stomatologii i Oddziałem Nauczania w Języku Angielskim,
• Wydział Farmaceutyczny z Oddziałem Medycyny Laboratoryjnej,
• Wydział Nauk o Zdrowiu.

 Jednostkami organizacyjnymi wydziałów są:
katedry, kliniki, zakłady, studium, samodzielne pracownie. 

Ogólnouczelnianymi jednostkami Uniwersytetu Medycznego są:

• Biblioteka Główna,
• Archiwum,
• Biobank,
• Szkoła Doktorska,
• Centrum Medycyny Doświadczalnej,
• Centrum Symulacji Medycznej,
• Centrum Badań Klinicznych,
• Centrum Bioinformatyki i Analiz Danych,
• Centrum Sztucznej Inteligencji w Medycynie,Ośrodek Wsparcia Badań Klinicznych,
• Ośrodek Wsparcia Badań Klinicznych
• Ośrodek Badań Populacyjnych,
• Centrum Medycyny Regeneracyjnej,
• Centrum Radiofarmacji.

 Bazę dla działalności naukowo-dydaktycznej stanowią następujące jednostki, utworzone na mocy odrębnych przepisów:

• Uniwersytecki Szpital Kliniczny w Białymstoku,
• Uniwersytecki Dziecięcy Szpital Kliniczny im. L. Zamenhofa w Białymstoku,
• Jednostki Uczelni zorganizowane na bazie obcej działające na mocy umów zawartych przez Uczelnię,
• Schemat organizacyjny struktury zarządzania Uczelnią stanowi załącznik nr 1 do Regulaminu Organizacyjnego UMB,
• Wykaz jednostek organizacyjnych wydziałów załącznik nr 2 do Regulaminu Organizacyjnego UMB,
• Schemat organizacyjny administracji załącznik nr 3 do Regulaminu Organizacyjnego UMB,
• Symbolika jednostek organizacyjnych administracji załącznik nr 4 do Regulaminu Organizacyjnego UMB.
  
  Regulamin Organizacyjny UMB publikowany jest na stronie: https://bip.umb.edu.pl/pl/zarzadzenie/2147/zarzadzenie-nr-38-2021